Η πλούσια αρχιτεκτονική ιστορία του συγκροτήματος ξεκίνησε με την ολοκλήρωση του πρώτου κτιρίου του μουσείου, που χτίστηκε το 1939 από τους Philip L. Goodwin και Edward Durell Stone, και αμέσως έγινε σαφές ότι δεν υπήρχε αρκετός χώρος. Ο Philip Johnson δημιούργησε δύο επιπλέον κτίρια για το MOMA - το 1951 (τώρα κατεδαφίστηκε) και το 1964. Ο Cesar Pelli πρόσθεσε εκθεσιακούς χώρους στο συγκρότημα, καθώς και ένα συγκρότημα κατοικιών 52 ορόφων "Museum Tower"
Ο Taniguchi, ο οποίος εργάστηκε στο έργο ανασυγκρότησης μαζί με το γραφείο Kon Pedersen Fox, προσπάθησε να διατηρήσει όλα τα ίχνη της προηγούμενης αναδιάρθρωσης, επισημαίνοντας σε αυτές απροσδόκητες γωνίες.
Παρά το γεγονός ότι ο 20ος αιώνας έχει τελειώσει, και για πολύ καιρό η πιο μοντέρνα τέχνη έχει εκθεθεί στο Μουσείο Guggenheim, ο αρχιτέκτονας δεν έδωσε στο κτίριο έντονη εστίαση στο μέλλον. Αντίθετα, η τονισμένη γραμμικότητα και οι λείες επιφάνειες των τοίχων μεταφέρουν την πληρότητα αυτής της ιστορικής εμπειρίας.
Το νέο λόμπι με πρόσοψη από γκρι γυαλί και μαύρο γρανίτη προηγείται από ένα σύνολο κτιρίων διαφορετικών εποχών. Στο εσωτερικό, περνώντας κατά μήκος μιας σειράς λευκών στηλών, ο επισκέπτης μπαίνει σε ένα τεράστιο αίθριο, γύρω από το οποίο συγκεντρώνονται εκθεσιακές αίθουσες και στους έξι ορόφους. Ελαφριές γέφυρες στο άκρο του λόμπι συνδέουν τις αίθουσες σε διαφορετικά επίπεδα.
Αργότερα έργα βρίσκονται στις χαμηλότερες βαθμίδες, πρώιμα, άνευ όρων κλασικά έργα τέχνης του 20ου αιώνα - στην κορυφή.
Όταν ο επισκέπτης κοιτάζει προς τα κάτω από το ανώτερο επίπεδο των αιθουσών, βλέπει ανάμεσα στο φως και, όπως ήταν, διαλύει στην αρχιτεκτονική του αέρα τα πιο σημαντικά έργα μιας συγκεκριμένης περιόδου. Κοιτάζοντας μέσα από τον γυάλινο τοίχο μιας από τις προσόψεις του παραρτήματος Taniguchi, τα Rodin Balzac και ιταλικά σπορ αυτοκίνητα είναι ταυτόχρονα ορατά σε γκαλερί διαφορετικών επιπέδων.
Ένα ιδιαίτερο μέρος στο σύνολο του μουσείου καταλαμβάνεται από έναν κήπο με σημύδες και μαρμάρινες γέφυρες, που βρίσκονται πίσω από τον γυάλινο τοίχο του λόμπι. Βρίσκεται σε χαμηλές βεράντες που του δίνουν μια ευρύχωρη αίσθηση. Μαζί με το νέο εξαώροφο κτίριο, παλιά κτίρια, τα οποία στεγάζουν πλέον ένα εκπαιδευτικό κέντρο, μια βιβλιοθήκη ταινιών και ένα φωτογραφικό αρχείο, ανοίγουν επίσης στον κήπο.
