Το κτίριο βρίσκεται στους πρόποδες του βράχου στον οποίο βρίσκεται η Ακρόπολη. Λόγω των ιδιαιτεροτήτων του χώρου, είναι προσανατολισμένο κατά μήκος του άξονα Ανατολής-Δύσης, αλλά καταλαμβάνει ολόκληρο τον επάνω, τρίτο όροφο του, η Πινακοθήκη του Παρθενώνα αναπτύσσεται απότομα σε σχέση με τον κύριο όγκο του κτηρίου και βλέπει βόρεια. Αυτό όχι μόνο κατέστησε δυνατή τη μερική επίλυση του προβλήματος της υπερθέρμανσης σε ζεστά κλίματα, αλλά και συνδέει οπτικά την αίθουσα με τα γλυπτά που κοσμούσαν κάποτε τις προσόψεις του μεγάλου ναού, με τον ίδιο τον Παρθενώνα, που βρίσκεται λιγότερο από 300 μέτρα από το μουσείο. Το δυναμικό αποτέλεσμα αυτής της λύσης γεμίζει το κτίριο με ενέργεια. Σε αυτό μπορεί να δει μια συγκεκριμένη συμβολική σημασία: φαίνεται να στρέφεται προς την Ακρόπολη, στο παρελθόν, το οποίο αντιστοιχεί στο πολιτικό μήνυμα που έθεσε η ελληνική κυβέρνηση στο νέο κτίριο: ας γυρίσουμε πίσω το ρολόι και να φέρουμε το μνημείο πίσω στο αρχική κατάσταση (ή τουλάχιστον συγκεντρώστε όλα τα μέρη της που είναι τώρα αποθηκευμένα στο Λονδίνο, το Παρίσι, το Παλέρμο, τη Ρώμη).
Μια τέτοια ρητορική θα μπορούσε να είχε επηρεάσει το αρχιτεκτονικό έργο: ακόμη και μετά τη νίκη της έκδοσης του Chumi στον διαγωνισμό το 2001, υπήρχαν πολλοί υποστηρικτές του νεοκλασικού σχεδιασμού του κτιρίου του μουσείου στην Ελλάδα. Ωστόσο, ο πολύ διακριτικός όγκος γυαλιού, σκυροδέματος και μαρμάρου παρέχει πολύ πιο διακριτικό σκηνικό για μια συλλογή γλυπτών από την αρχαϊκή περίοδο έως τους ρωμαϊκούς χρόνους από κάποιο είδος «ιστορικοποίησης» δομής.
Λόγω του γεγονότος ότι βρέθηκαν υπολείμματα ενός τετάρτου της πόλης των αρχαίων χρόνων κάτω από το κτίριο, αποφασίστηκε να ανυψωθεί πάνω από το έδαφος σε 100 τσιμεντένια στηρίγματα με "μεντεσέδες", τα οποία θα μετριάσουν τους κραδασμούς σε περίπτωση πιθανού σεισμού. με την πρώτη ματιά, είναι διατεταγμένα τυχαία, αλλά στην πραγματικότητα - έτσι ώστε να μην βλάψουν τα αρχαιολογικά ευρήματα. Τα θεμέλια των αρχαίων σπιτιών είναι ορατά μέσω των ανοιγμάτων και των τζαμιών στο πάτωμα του ισογείου του μουσείου, όπου βρίσκονται ο προθάλαμος και οι αίθουσες των προσωρινών εκθέσεων. Από εκεί, ο επισκέπτης ανεβαίνει στον δεύτερο όροφο, όπου εκτίθενται όλα τα εκθέματα, εκτός από τα γλυπτά του Παρθενώνα, και υπάρχει επίσης μια ανοιχτή βεράντα με καφέ. Ο τρίτος όροφος με την «Πινακοθήκη Παρθενώνα» είναι ένας ορθογώνιος υαλοπίνακας, στο κέντρο του οποίου υπάρχει συγκεκριμένος όγκος, επαναλαμβάνοντας το μέγεθος του σηκού του ναού. Η περίφημη ζωφόρος με την Παναθηναϊκή πομπή έχει αναδημιουργηθεί από αυθεντικά μέρη και καστ.
Η σοβαρή ατμόσφαιρα του «ναού της τέχνης» στο μουσείο θα συνεχιστεί παρά τον αναμενόμενο τεράστιο αριθμό επισκεπτών: ο θόρυβος θα απορροφηθεί από τις πολλές κυκλικές τρύπες που γίνονται στους τοίχους από μπετόν. Εκτός από την απουσία διακόσμησης, ο αριθμός των πινακίδων και των ετικετών έχει μειωθεί στο ελάχιστο απαιτούμενο: τίποτα δεν πρέπει να αποσπά την προσοχή από τα εκθέματα. Μια καλά μελετημένη διαδρομή θα διευκολύνει την επιθεώρηση της συλλογής: από τις αρχαιολογικές ανασκαφές κάτω από το κτίριο έως το αρχαϊκό γλυπτό στον δεύτερο όροφο, στη συνέχεια στην Πινακοθήκη του Παρθενώνα στον τρίτο και στη συνέχεια μέχρι τα έργα των ελληνιστικών και Ρωμαϊκές περίοδοι.
